主要应用领域：洗涤剂、制革、丝绸、饲料、医药、食品、环保等 [2]
其应用主要围绕其水解蛋白质肽键的功能展开，生产生活中，有几个主要的需求：1 使复杂的大分子蛋白质结构变成简单的小分子肽链或者氨基酸，从而变得易于吸收或洗去，比如食品、洗涤剂、饲料等领域。2 部分破坏蛋白质结构，使物质组分之间实现分离，这在皮革、丝绸等含蛋白质丰富的材料加工时十分有效，3 促进环境污染物降解，用于环保领域 4 蛋白酶既能催化水解反应，也能催化其逆反应，而且具备高度的活性和专一性，非常适合医药工业对某些特定分子的生产需求。

日常生活中常见的例子是洗衣粉中的蓝粒子，包装上一般会附有其使用方法，需要注意，碱性蛋白酶只有在合适的pH区间内才有活性，在酸性条件下没有活性。各种小窍门中经常介绍用醋泡、果皮擦等方式除去衣物上的污渍，而醋和一些果皮是酸性的，当它们和含有碱性蛋白酶的洗衣粉、洗衣液一起使用时，碱性蛋白酶实际上是没有发挥功效的，即便去除了污渍，也是其他成分的效果。

蛋白酶是水解蛋白质肽链的一类酶的总称。按其降解多肽的方式分成内肽酶和端肽酶两类。前者可把大分子量的多肽链从中间切断，形成分子量较小的朊和胨；后者又可分为羧肽酶和氨肽酶，它们分别从多肽的游离羧基末端或游离氨基末端逐一将肽链水解生成氨基酸。